1诱发心脏病：医生指出：每天喝五杯以上咖啡的人，罹患心脏病的机率可能是正常人的两倍。因为咖啡因会使血胆固醇及三酸甘油酯增高，造成心律不整，久了以后将导致心脏疾病的发生。 2、诱发骨质疏松症：咖啡因会引起钙质的流失，导致骨骼疏松症。每天喝三杯咖啡以上的妇女，尤应小心堤防！ 3、诱发肠胃疾病：咖啡因会刺激肠子收缩，造成腹泻，经常空腹喝咖啡，易使胃酸分泌过多，导致胃酸过多或胃溃疡。 4、诱发胆结石发作：如果和有胆结石的人多喝咖啡，可能会因为咖啡因刺激胆囊收缩，而疼痛不已。因此有胆结石的人最好不要喝咖啡。 5、诱发癌症：饮用过量的咖啡，可能会诱发胰线癌，乳癌以及卵巢癌。

     为什么有的人喝了咖啡会提神，有的喝了以后还是很困想睡觉，或者有的人喝了适量的咖啡却有以上不良反应呢？这是和每个人对咖啡因的代谢能力不同有关。 咖啡因的代谢在肝脏中发生，由细胞色素氧化酶P450（特别是1A2同工酶）酶系统氧化，所以CYP1A2的基因承担着清除体内咖啡因的任务，这种清除作用的效率高低是因人而异的。 如果某些人的这个酶的代谢比较快，摄入的咖啡因很快就会被清除出体外，因此咖啡因起作用的效果就很有限，不能令人产生特别明显的兴奋感。而对于另一些人，他们这个酶代谢速度慢，咖啡因在体内的清除速度很慢，起作用时间也就较长，这样的人往往一杯咖啡就会令他们夜不能寐，有的还会影响食欲，呕吐和痉挛，也可能出现胃炎或心脏病等不良反应。

     随着分子遗传学的发展，可以从分子水平即利用DNA分析技术直接检出与咖啡代谢相关的酶，比如我们知道细胞色素氧化酶P450 2A1 与咖啡因的代谢有关，人们只需提供唾液样本接受简单的测试，便可以得悉该酶的代谢能力，有助于解释他们是否适合喝咖啡。这是目前国内外最先进的检测手段。